Bir yıla yakın bir süredir devam eden savaş da bu kararlarla ve oluşmaya başlayan birlikle doğrudan ilgili. Çatışma, Rusların 1999 yılının ilk aylarında Dağıstan’daki bazı köyleri kuşatarak bombardımana tutmasıyla başladı. Toplam 1500 kişilik nüfusu olan bu köyler kendilerine bir önder olarak gördükleri Çeçenistan’dan yardım istediler. Ruslara karşı yaptığı cesur mücadele ile bir kahraman haline gelen Çeçen gazisi Şamil Basayev, 1999 yılının yaz aylarında Rus zulmünden kurtulmak için kendilerinden yardım isteyen Dağıstan halkına yardıma başladı. Bombardıman altında kalan köylerden sadece iki kişi kurtuldu. Bu köylerde çok büyük bir katliam yaşanmış ve masum insanlar sebepsiz yere vahşice öldürülmüştü. İşte Rusya ile Çeçenistan arasındaki yeni savaş bu şekilde başladı. Yani kamuoyunda yaratılmak istenen nedenler gerçekleri yansıtmıyordu. Ortada herhangi bir terörist faaliyet ya da ayrılıkçı teröristler yoktu. Çeçen nüfusunun yüzde sekseni, Müslümanlardan oluşan Dağıstan halkına insani bir yardımda bulunmuş ve Rusları karşılarına almayı göze almışlardı.
İşte Çeçenlerin diğer cumhuriyetler üzerindeki bu lider konumu, çatışmalar başladığı günden itibaren herkesin sorduğu: “Çeçenistan Rusya için neden bu kadar büyük bir önem taşıyor?” sorusunun da bir anlamda cevabı oluyordu. Çeçenistan’ın bağımsızlığına olan düşkünlüğü ve bu uğurda yaptığı cesur mücadele diğer bağımsız cumhuriyetler için çok büyük bir örnek teşkil etmektedir. Rusya Federasyonunun içindeki cumhuriyetlerin en önemli özellikleri ise birbirleriyle çok büyük bir etkileşim içinde olmaları ve bir ülkede yaşanan değişikliğin diğer ülkeleri de çok çabuk etkisi altına almasıydı. İşte bu nedenle Çeçenistan’ın bağımsızlığının aynı bir domino taşı gibi birbiri ardına diğer ülkeler üzerinde bir etki yaratması, Rusya’da çok büyük bir tedirginlik yaratmaktadır.